Thermo Fisher Scientific Affymetrix® Molecular Diagnostic Software Guide de référence

Marque
Thermo Fisher Scientific
Modèle
Affymetrix® Molecular Diagnostic Software
Taper
Guide de référence
Guide de référence rapide
Ce guide de référence rapide récapitule la procédure de traitement des puces sur le système GeneChip®
System 3000Dx v.2; l'utilisateur est sensé posséder des connaissances sur ce système.
Utilisation prévue
Le système d'instrumentation de puces GeneChip® d'Affymetrix, qui comporte le scanner GeneChip®
3000Dx avec Autoloader, la station fluidique FS450Dx et le logiciel GCOSDx/AMDS, sert à mesurer les
signaux de fluorescence de l'ADN et l'ARN cibles marqués par hybridation sur les puces GeneChip®. À
utiliser exclusivement dans le cadre de tests GeneChip autorisés.
AVERTISSEMENT: L’opérateur a la responsabilité de respecter les consignes de sécurité internes afin
d’assurer la sécurité des données des patients.
Accès au système
Vous pouvez changer de mot de passe, fermer la session et éteindre la station de travail dans le volet
User Details (Informations sur l'utilisateur).
Liste des tâches actuelles
Création d'une demande de test
1. Cliquez sur le bouton Active Worklist (Liste des tâches actives) du volet Workflow pour afficher la
Active Worklist (Liste des tâches actives).
2. Cliquez sur le bouton Create (Créer); l'écran Enter Test Request (Saisir une demande de test)
apparaît.
3. Scannez le code-barres du Specimen ID (identifiant du spécimen) (ou saisissez manuellement
l'identifiant du spécimen) et sélectionnez un nom pour le test dans la liste déroulante Assay Name
(Nom du test).
4. Cliquez sur le bouton Submit (Valider). La Active Worklist (Liste des tâches actives) apparaît; elle
inclut la nouvelle demande de test.
Annulation d'une demande de test
1. Sélectionnez la demande de test que vous souhaitez annuler.
2. Cliquez sur Cancel Test Request (Annuler la demande de test).
Liste des tâches d'enregistrement
Enregistrement d'une demande de test
1. Cliquez sur le bouton Registration (Enregistrement) du volet Workflow pour afficher la
Registration Worklist (Liste des tâches d’enregistrement).
2. Scannez le code-barres du Specimen ID (Identifiant du spécimen) pour sélectionner la demande de
test, puis scannez le code-barres de la puce (ou sélectionnez le champ Array ID (Identifiant de la
puce) correspondant à la demande de test et saisissez manuellement le code-barres de la puce).
3. Facultatif: Reportez-vous au guide d'utilisation du logiciel de test pour savoir comment saisir des
informations sur le kit réactif dans cet écran.
4. Cliquez sur Save (Enregistrer) ou sur Complete Step (Terminer l'étape) pour enregistrer vos
modifications et passer à l'étape suivante.
Liste des tâches relatives au four d'hybridation
Pour savoir comment utiliser le four d'hybridation 645 d'Affymetrix, reportez-vous au guide d'utilisation
Hybridization Oven 645 User’s Guide, n°de réf. 08-0255, ou à la fiche de référence rapide n°de réf.
08-0256. Avant de procéder aux étapes suivantes, vérifiez que votre four est allumé et que sa
température et sa vitesse de rotation sont appropriées pour le test.
Hybridation d'une puce dans le four
1. Cliquez sur le bouton Hybridization Oven (Four d'hybridation) du volet Workflow pour afficher la
Hybridization Worklist (liste des tâches d'hybridation).
2. Saisissez le numéro du four pour chaque demande de test. (Saisissez «E» si un autre appareil que le
four d'hybridation 645 est branché sur la station de travail.)
3. Insérez les puces dans un tiroir porteur.
4. Chargez le tiroir porteur dans le four.
5. Utilisez le clip du tiroir porteur pour fixer le tiroir porteur.
6. Sélectionnez les demandes de test et cliquez sur le bouton Start (Démarrer) pour démarrer la minuterie
d'hybridation.
7. Lorsque le four a exécuté le protocole, cliquez sur le bouton End (Terminer) pour arrêter la minuterie.
8. Cliquez sur Complete Step (Terminer l'étape) pour passer à l'étape suivante.
Liste des tâches fluidiques
Pour obtenir plus d'informations sur la station fluidique FS450Dx, reportez-vous au guide d'utilisation
Affymetrix Molecular Diagnostic Software User Guide, n° de réf. 08-0261.
Configuration de la station fluidique
1. Cliquez sur le bouton Fluidics (Fluidique) du volet Workflow pour afficher la Fluidics Worklist (Liste
des tâches fluidiques).
2. Cliquez sur le bouton Station Setup (Configuration de la station) de la barre de menus pour afficher
l'écran Fluidics Station Setup (Configuration de la station fluidique).
3. Sur la ligne correspondant à votre station fluidique, sélectionnez le nom du test dans la liste déroulante
Assay Name (Nom du test).
4. Sélectionnez la ligne et cliquez sur le bouton Prime (Principal), puis suivez les instructions affichées sur
l'écran LCD du module.
5. Cliquez sur le bouton Close Setup
Screen (Quitter l'écran de configuration)
pour quitter l'écran Station Setup
(Configuration de la station) et revenir
à la Fluidics Worklist (Liste des tâches
fluidiques).
Exécution du protocole fluidique
1. Cliquez sur le bouton Fluidics (Fluidique)
du volet Workflow pour afficher la Fluidics
Worklist (Liste des tâches fluidiques).
2. Chargez une puce GeneChip dans le
module fluidique.
3. Scannez le code-barres de la puce,
puis scannez le code-barres du module
fluidique pour saisir les informations sur
la station et le module pour la demande
de test.
4. Sélectionnez la demande de test, puis
cliquez sur le bouton Start (Démarrer).
Affymetrix® Molecular Diagnostic Software – AMDS
Levier de
puce
Levier
d'aiguille
Tubes
N° de réf. 08-0262 FR rév. A
© Affymetrix, Inc. Tous droits réservés. Affymetrix®, Command Console®, DMET™, GeneChip®, GeneChip-compatible™, Genotyping Console™, NetAffx® et Powered by
Affymetrix™, sont des marques de commerce ou des marques déposées d'Affymetrix, Inc. Toutes les autres marques déposées sont la propriété de leurs détenteurs respectifs.
À utiliser pour des applications de diagnostic in vitro. EmergoEurope
Molenstraat 15
2513 BH, The Hague
The Netherlands
Téléphone: +31.70.345.8570
Fax: +31.70.346.7299
Guide référence rapide - Affymetrix® Molecular Diagnostic Software
5. Suivez les instructions affichées sur l'écran LCD du module fluidique.
6. Lorsque la demande de test indique que l'étape fluidique est terminée, cliquez sur Complete Step
(Terminer l'étape) pour passer à l'étape suivante.
Arrêt de la station fluidique
1. Cliquez sur le bouton Fluidics (Fluidique) du volet Workflow pour afficher la Fluidics Worklist
(Liste des tâches fluidiques).
2. Cliquez sur le bouton Station Setup (Configuration de la station) de la barre de menus pour
afficher l'écran Station Setup (Configuration de la station).
3. Sélectionnez la ligne et cliquez sur le bouton Shut Down Station (Éteindre la station), puis suivez
les instructions affichées sur l'écran LCD du module.
Liste des tâches relatives au scanner
Pour obtenir plus d'informations sur AutoLoaderDX, reportez-vous au guide d'utilisation Affymetrix
Molecular Diagnostic Software User Guide, n° de réf. 08-0261. Les divers états sont indiqués par trois
témoins lumineux situés sur le panneau avant d'AutoLoaderDx.
Vert Jaune Indication
Éteint Éteint Démarrage initial
Allumé Allumé Démarrage du scanner
Éteint Allumé Préchauffage du laser
Éteint Clignotant Erreur de scanner
Allumé Éteint Système prêt
Clignotant Éteint Scan en cours
Témoin lumineux bleu d'Autoloader
Témoin lumineux bleu du scanner
Témoin vert
Bouton Marche/Arrêt
Témoin jaune
Chargement des puces
Pour une question d’efficacité, retirez
toutes les puces qui ont déjà été
scannées, commencez le chargement
à la position n°1 et chargez les puces
de manière contigüe. Notez qu'il n'y a
qu'une orientation possible. L'exécution
s'arrête une fois que les 48 puces ont
été scannées.
Scan d'une série de puces
1. Cliquez sur le bouton Scanner
du volet Workflow pour afficher
la Scanner Worklist (Listes des
tâches du scanner).
2. Pour allumer le scanner afin de
préchauffer le laser, appuyez sur
le bouton I/O (Marche/Arrêt) situé
sur la partie avant de instrument.
Le préchauffage du laser nécessite
environ 10minutes.
3. Chargez les puces dans le carrousel du scanner.
4. Cliquez sur le bouton Start (Démarrer). Le témoin lumineux bleu d'AutoLoaderDx s'allume,
indiquant que le couvercle d'AutoLoaderDx est verrouillé et que le scan va commencer. Vous pouvez
suivre la progression de l'exécution dans le volet Device Status (État de l'appareil).
5. Cliquez sur Complete Step (Terminer l'étape) pour fermer/faire avancer les requêtes de test
complétées sur le scanner, pour les enlever de la liste des tâches du scanner.
Scan manuel d'une puce
1. Ouvrez le couvercle d'AutoLoaderDx et placez la puce dans la position n°1; fermez le couvercle.
2. Sélectionnez la demande de test qui est associée à la puce.
3. Cliquez sur le bouton Manual Scan (Scan manuel).
Arrêt de l'exécution d'AutoLoaderDx
Cliquez sur le bouton Stop Scan (Arrêter le scan). AutoLoaderDx finit le scan de la puce actuelle, puis
cesse de s'exécuter. Le témoin lumineux bleu s'éteint, indiquant que le couvercle est déverrouillé. Vous
pouvez dorénavant ajouter des puces à et lancer une nouvelle exécution d'AutoLoaderDx.
REMARQUE: Le scanner passe en mode veille après plusieurs heures d'inactivité.
Examen des résultats
Dans la Active Worklist (Liste des tâches actives), dans le champ Review Results (Examiner les
résultats), cliquez sur le lien hypertexte Awaiting Review (En attente d'examen) de n'importe quelle
demande de test complète pour afficher le rapport de test. Reportez-vous au guide d'utilisation de votre
logiciel de test pour obtenir des instructions supplémentaires sur l'exécution du workflow des demandes
de test qui utilisent le test.
Ce Guide de référence rapide est une version traduite du Guide de référence rapide en langue anglaise n°de
réf. 08-0262.
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