Thermo Fisher Scientific VetMAX Schmallenberg Virus Kit Mode d'emploi

Taper
Mode d'emploi
VetMAX Schmallenberg Virus Kit
Protocoles de purification d’acides nucléiques optimisés pour une utilisation avec le kit (Réf. SBVS50)
Pub. nº MAN0008246 Rév. D.0
Espèces Matrices d’échantillons Type de test
• Bovins
Petits ruminants (ovins, caprins)
Sang total en tubes EDTA
Sérum
Tissu cérébral
Individuel
AVERTISSEMENT ! Lire les fiches de données de sécurité (FDS) et suivre les consignes de manipulation. Porter des lunettes
de protection, des gants et des vêtements appropriés. Les fiches de données de sécurité (FDS) sont disponibles à l’adresse
thermofisher.com/support.
AVERTISSEMENT ! RISQUE BIOLOGIQUE. Lire les informations de sécurité relatives aux risques biologiques du produit
disponibles sur thermofisher.com. Suivre toutes les réglementations du travail avec des échantillons biologiques locales,
nationales et/ou communautaires en vigueur.
Objectif de ce guide ....................................................................................... 2
Choix de l’échantillon ...................................................................................... 2
Conservation des échantillons ............................................................................... 2
Matériels requis non fournis ................................................................................. 2
Protocoles de purification d’ARN recommandés ................................................................. 4
Instructions .............................................................................................. 5
Préparation des échantillons pour la purification (toutes les méthodes) ................................................ 5
Purification de l’acide nucléique avec le MagMAX CORE Nucleic Acid Purification Kit (méthode automatisée) ................ 6
Purification de l’acide nucléique avec le MagVet Universal Isolation Kit (méthode automatisée) ........................... 10
Purification de l’ARN avec le MagMAX-96 Viral RNA Isolation Kit (méthode automatisée) ............................... 11
Purification de l’ARN avec le QIAamp Viral RNA Mini Kit (méthode manuelle) ......................................... 13
Purification de l’ARN avec le kit NucleoSpin RNA Virus (méthode manuelle) .......................................... 14
Purification de l’ARN avec le kit NucleoSpin 8 Virus/NucleoSpin 96 Virus (méthode manuelle) ........................... 15
Bonnes pratiques de laboratoire pour la PCR et la RT-PCR ........................................................ 16
Annexe A Purification avec l’instrument KingFisher Duo Prime ou KingFisher mL
Matériels requis non fournis ................................................................................ 17
Procédure de purification .................................................................................. 17
Annexe B Documentation et support
Assistance à la clientèle et support technique .................................................................. 18
Garantie limitée du produit ................................................................................. 19
GUIDE COMPLÉMENTAIRE
Pour usage en laboratoire.
Objectif de ce guide
Ce guide décrit les protocoles de purification d’ARN du virus de Schmallenberg validés et optimisés pour une utilisation en aval avec
Applied Biosystems VetMAX Schmallenberg Virus Kit (Réf. SBVS50).
La purification automatisée des acides nucléiques est réalisée à l’aide de l’un des instruments suivants : KingFisher Flex, MagMAX
Express-96, KingFisher mL ou KingFisher Duo Prime.
La purification manuelle d’acides nucléiques utilise des colonnes ou des plaques de centrifugation à base de silice.
Choix de l’échantillon
Type d’échantillon Type d’analyse Quantité requise et équipement de prélèvement
Sang total Individuel 50 à 200 μl de sang total prélevé dans des tubes EDTA[1]
Sérum Individuel 50 à 200 μl de sérum prélevé dans des tubes secs[1]
Tissu Individuel 100 mg de tissu cérébral
[1] Le volume nécessaire dépend du protocole de purification utili.
Conservation des échantillons
Type d’échantillon Conservation
Sang total Après le prélèvement, conserver les échantillons entre 2°C et 8°C jusqu’à utilisation (sous 4 jours maximum).
Après utilisation ou à expiration du délai de 4 jours, conserver les échantillons en dessous de -16°C pour une utilisation dans
l’année ou en dessous de -70°C pour une conservation à long terme.
Sérum
Tissu (cerveau) Après prélèvement, conserver comme indiqué :
conserver les échantillons entre 2°C et 8°C si l’analyse est eectuée dans les 24 heures suivant le prélèvement ;
conserver les échantillons en dessous de -16°C si l’analyse est eectuée au-delà des 24 heures suivant le prélèvement.
Après utilisation ou à expiration du délai de 24 heures, conserver les échantillons en dessous de -16°C pour une utilisation
dans l’année ou en dessous de -70°C pour une conservation à long terme.
Matériels requis non fournis
Sauf indication contraire, tous les produits sont disponibles sur thermofisher.com. « PFL » indique que le matériel est disponible sur
fisherscientific.com ou auprès d'un autre grand fournisseur de laboratoire.
Matériel nécessaire pour la collecte d’échantillon, la préparation, et la purification des acides nucléiques
Tableau 1 Matériel requis pour toutes les méthodes de préparation des échantillons
Élément Source
Équipement
Poste de Sécurité Microbiologique de type II (PSMII) PFL
Centrifugeuse de paillasse PFL
Agitateur de laboratoire, vortex ou équivalent PFL
Micropipettes de précision ajustables (de 1 µl à 1 000 µl) PFL
Consommables
Embouts de pipette résistant aux aérosols, sans nucléase PFL
Microtubes exempts de DNase/RNase de 1,5 ml et 2,0 ml PFL
Réactifs
Eau sans nucléase AM9932
PBS (1X), pH 7.4 PFL
2Guide complémentaire de VetMAX Schmallenberg Virus Kit
Tableau 2 Matériel supplémentaire nécessaire pour la purification à partir d’échantillons de tissu
Élément Source
Équipement
Broyeur de tissus pour agitation avec billes, parmi les modèles suivants ou équivalents :
Fisher Scientific Bead Mill 24 Homogenizer
• Precellys 24 Homogenizer (Bertin)
Instrument FastPrep24 (MP Biomedical 116004500)
Mixer Mill 400 (Verder 207450001)
Fisher Scientific 15-340-163
Bertin EQ03119.200.RD000.0
Fisher Scientific MP116004500
Fisher Scientific 08 418 241
Balance de précision PFL
PYREX Solid Glass Beads for Distillation Columns (3 mm), ou billes en verre de 3 mm équivalentes Fisher Scientific 11-312-10A
Scalpels et pinces métalliques (stériles) PFL
Consommables
Boîte de Petri (stérile) PFL
Matériels supplémentaires nécessaires pour la purification automatisée des acides nucléiques
Tableau 3 Matériel nécessaire pour la procédure MagMAX CORE Nucleic Acid Purification Kit
Élément Source
Instrument, l’un des suivants :
KingFisher Flex Purification System
Contacter votre représentant commercial
local.
MagMAX Express96 Magnetic Particle Processor
KingFisher Duo Prime Purification System
KingFisher mL Purification System
Équipement
Réservoir de réactifs PFL
Consommables
Adhesive PCR Plate Foils, ou équivalent AB0626
Consommables pour les instruments KingFisher Flex et MagMAX Express-96 :
• KingFisher Deep-Well 96 Plate
• KingFisher 96 KF microplates
• KingFisher 96 tip comb for DW magnets
• 95040450
97002540
• 97002534
Consommables pour les instruments KingFisher Duo Prime et KingFisher mL Voir Tableau 9 en page 17.
Kits et réactifs
MagMAX CORE Nucleic Acid Purification Kit A32700 ou A32702
PBS, pH 7.4 (10X), exempt de RNase AM9624
Tableau 4 Matériel nécessaire pour la procédure MagVet Universal Isolation Kit
Élément Source
Instrument, l’un des suivants :
KingFisher Flex Purification System
Contacter votre représentant commercial
local.
MagMAX Express96 Magnetic Particle Processor
KingFisher mL Purification System
Équipement
Réservoir de réactifs PFL
Guide complémentaire de VetMAX Schmallenberg Virus Kit 3
Élément Source
Kits et réactifs
MagVet Universal Isolation Kit MV384
Éthanol à 80 % PFL
Tableau 5 Matériel nécessaire pour la procédure MagMAX-96 Viral RNA Isolation Kit
Élément Source
Instrument
MagMAX Express96 Magnetic Particle Processor Contacter votre représentant commercial
local.
Équipement
Réservoir de réactifs PFL
Kits et réactifs
MagMAX-96 Viral RNA Isolation Kit AM1836
Éthanol à 96-100 % PFL
Isopropanol à 100 % PFL
Matériels supplémentaires nécessaires pour la purification manuelle des acides nucléiques
Élément Source
Équipement
Bloc chauant à 70PFL
Kits et réactifs
L’un des kits suivants :
• QIAamp Viral RNA Mini Kit
• NucleoSpin RNA Virus Kit
• NucleoSpin 96 Virus Kit
• NucleoSpin 8 Virus Kit
Qiagen 52904
Macherey Nagel 740956
Macherey Nagel 740691.4
Macherey Nagel 740643
Éthanol à 96-100 % PFL
Protocoles de purification d’ARN recommandés
Protocole de purification Type d’échantillon
Sang total Sérum Tissu (cerveau)
Méthodes automatisées
MagMAX CORE Nucleic Acid Purification Kit (page 6) — —
MagVet Universal Isolation Kit (page 10) ✓✓✓
MagMAX-96 Viral RNA Isolation Kit (page 11) ✓✓✓
Méthodes manuelles
QIAamp Viral RNA Mini Kit (page 13) ✓✓✓
Kit NucleoSpin RNA Virus (page 14) ✓✓✓
Kit NucleoSpin 8 Virus/NucleoSpin 96 Virus (page 15) ✓✓✓
4Guide complémentaire de VetMAX Schmallenberg Virus Kit
Instructions
Préparer au moins un échantillon témoin purifié à utiliser en tant que contrôle négatif d’extraction. Utiliser du PBS (1X), pH 7.4 ou de
l’eau sans nucléase au lieu de l’échantillon testé, sauf indication contraire. Traiter l’échantillon témoin purifié en même temps que les
échantillons testés, en utilisant le même protocole de purification d’acides nucléiques.
Préparation des échantillons pour la purification (toutes les méthodes)
1. Préparer les échantillons comme décrit.
Type d’échantillon Action
Sang total
• Sérum
Procéder avec 50–200 μl d’échantillon, selon le protocole de purification utilisé.
Tissu 1. Hacher finement le morceau de tissu dans une boîte de Petri stérile à l’aide de pinces et d’un scalpel
stériles.
2. Ajouter les composants suivants dans un tube de 2 ml :
tissu : 100 mg ;
PBS (1X), pH 7.4 : 1 ml ;
• PYREX Solid Glass Beads for Distillation Columns (3 mm) : 2 billes
3. Broyer (agiter avec les billes) les échantillons.
• Precellys 24 Homogenizer : 6 000 rpm pendant 40 secondes
• FastPrep24 Instrument : 6 m/s pendant 45 secondes
Mixer Mill 400 : 30 Hz pendant 2 minutes
4. Centrifuger à 6 000 × g pendant 2 minutes.
5. Procéder avec 50-100 μl de surnageant, selon le protocole de purification utilisé.
2. Procéder à la purification d’ARN avec le volume approprié de l’échantillon préparé.
“Purification de l’acide nucléique avec le MagMAX CORE Nucleic Acid Purification Kit (méthode automatisée)” en page 6
“Purification de l’acide nucléique avec le MagVet Universal Isolation Kit (méthode automatisée)” en page 10
“Purification de l’ARN avec le MagMAX-96 Viral RNA Isolation Kit (méthode automatisée)” en page 11
“Purification de l’ARN avec le QIAamp Viral RNA Mini Kit (méthode manuelle)” en page 13
“Purification de l’ARN avec le kit NucleoSpin RNA Virus (méthode manuelle)” en page 14
“Purification de l’ARN avec le kit NucleoSpin 8 Virus/NucleoSpin 96 Virus (méthode manuelle)” en page 15
Guide complémentaire de VetMAX Schmallenberg Virus Kit 5
Purification de l’acide nucléique avec le MagMAX CORE Nucleic Acid Purification Kit (méthode
automatisée)
Cette procédure est destinée à la purification rapide d’ARN viral à partir d’échantillons de sang total dans des tubes EDTA.
Suivre cette procédure si les instruments suivants sont utilisés :
• KingFisher Flex
• MagMAX Express-96
Suivre l’Annexe A, “Purification avec l’instrument KingFisher Duo Prime ou KingFisher mL” si les instruments suivants sont utilisés :
• KingFisher Duo Prime
• KingFisher mL
Méthodes recommandées
Deux méthodes sont disponibles pour l’extraction d’échantillons de sang total avec le MagMAX CORE Nucleic Acid Purification Kit :
Méthode Multi-échantillons Simple—Recommandée pour traiter une combinaison de types d’échantillons.
Méthode Simple—Recommandée pour traiter uniquement les échantillons de sang total.
Remarque :
·Un script express est disponible pour traiter les échantillons sur l’instrument (voir “Téléchargement et installation du script” en
page 7).
·Les scripts express ont été validés avec le profil thermique express uniquement (voir VetMAX Schmallenberg Virus Kit Notice
d’utilisation [Pub. N° MAN0007811]).
Méthode : Multi-échantillons Simple
Méthode Multi-échantillons Simple
Préparation des plaques pour le traitement
Préparation du mélange de Lysis/Binding/Bead
Mélanger les échantillons avec la PK, puis ajouter le mélange de Lysis/ Binding/ Bead
Placement des échantillons dans l’instrument
Méthode : Simple
Méthode Simple
Préparation des plaques pour le traitement
Préparation du mélange Bead/PK
Préparation de la solution de Lysis/Binding
Mélange des échantillons avec le mélange Bead/PK et la solution de Lysis/Binding
Placement des échantillons dans l’instrument
6Guide complémentaire de VetMAX Schmallenberg Virus Kit
Instructions
Avant utilisation, retourner les bouteilles de solutions et de tampons pour bien les mélanger.
Mélanger les échantillons avec les réactifs en utilisant un agitateur de plaques ou par aspiration-refoulement.
Remarque : Ne pas utiliser d’agitateur de plaques avec les barrettes requises par l’instrument KingFisher mL.
Pour éviter toute contamination croisée :
Couvrir la plaque ou la barrette pendant les étapes d’incubation et d’agitation, pour éviter tout débordement.
Pipeter avec précaution les réactifs et les échantillons pour éviter les éclaboussures.
Pour éviter toute contamination par les nucléases :
Porter des gants de laboratoire pendant les procédures. Les gants vous protègent des réactifs, et ils protègent l’acide nucléique
des nucléases présents sur la peau.
Utiliser des embouts de pipettes exempts d’acide nucléique pour manipuler les réactifs, et éviter de mettre des embouts utilisés
dans les récipients de réactifs.
Décontaminer les paillasses de laboratoire et les pipettes avant de commencer.
Avant la première utilisation du kit
Déterminer le réglage maximal de l’agitateur de plaques
Si un agitateur de plaques est utilisé, déterminer le réglage maximal.
1. Vérifier que la plaque est bien fixée sur l’agitateur.
2. Ajouter 1 ml d’eau dans chaque puits de la plaque, puis couvrir avec une feuille adhésive.
3. Déterminer le réglage maximal que vous pouvez utiliser avec votre agitateur sans que l’eau éclabousse la feuille adhésive.
Téléchargement et installation du script
Le script adéquat pour MagMAX CORE Nucleic Acid Purification Kit doit être installé sur l’instrument avant sa première utilisation.
1. Sur la page internet du produit MagMAX CORE Nucleic Acid Purification Kit (à l’adresse thermofisher.com, eectuer une
recherche à partir de la référence), faire défiler jusqu’à la section Documentation du produit.
2. Faire un clic droit sur le fichier approprié pour télécharger la version la plus récente du script MagMAX_CORE pour votre instrument.
Tableau 6 Scripts recommandés
Instrument Nom du script
Script standard Script express
KingFisher FlexMagMAX_CORE_Flex.bdz MagMAX_CORE_Flex_Express.bdz
KingFisher 96
MagMAX Express-96 MagMAX_CORE_KF-96.bdz MMC_KF96_Express.kf2
KingFisher Duo Prime MagMAX_CORE_DUO.bdz MagMAX_CORE_DUO_Express.bdz
KingFisher mL MagMAX_CORE_mL_no_heat.bdz MagMAX_CORE_mL_Express.bdz
Si requis par votre laboratoire, utiliser l’un des scripts suivants, qui ne chaue pas le liquide lors de l’étape d’élution.
Tableau 7 Scripts alternatifs sans étape d’élution chauée
Instrument Nom du script
KingFisher FlexMagMAX_CORE_Flex_no_heat.bdz
KingFisher 96
MagMAX Express-96 MagMAX_CORE_KF-96_no_heat.bdz
KingFisher Duo Prime MagMAX_CORE_DUO_no_heat.bdz
KingFisher mL MagMAX_CORE_mL_no_heat.bdz
3. Se référer au guide de l’utilisateur de l’instrument ou contacter l’assistance technique pour connaître les instructions d’installation du
script.
Guide complémentaire de VetMAX Schmallenberg Virus Kit 7
Préparation des plaques pour le traitement
1. Préparation des plaques pour le traitement.
Tableau 8 Configuration de la plaque : Instrument KingFisher Flex ou MagMAX Express-96
ID de la plaque Position de la
plaque[1] Type de plaque Réactif Volume par puits
Plaque de lavage 1 2 Deep Well MagMAX CORE Wash Solution 1 500 µl
Plaque de lavage 2 3 Deep Well MagMAX CORE Wash Solution 2 500 µl
Élution 4 Standard MagMAX CORE Elution Buer 90 µl
Peigne 5 Standard Placer un peigne protecteur dans la plaque.
[1] Position sur l’instrument.
Remarque : Pour configurer les plaques ou les barrettes de tubes pour l’instrument KingFisher Duo Prime ou KingFisher mL, voir
Annexe A, “Purification avec l’instrument KingFisher Duo Prime ou KingFisher mL”.
2. (Facultatif) Pour éviter l’évaporation et la contamination, couvrir les plaques préparées avec une feuille adhésive jusqu’à ce qu’elles
soient chargées dans l’instrument.
3. Procéder avec la méthode adaptée à votre laboratoire.
Méthode Multi-échantillons Simple —Voir “Méthode Multi-échantillons Simple : Préparation des échantillons pour le
traitement” en page 8.
Méthode Simple —Voir “Méthode Simple : Préparation des échantillons pour le traitement” en page 9.
Méthode Multi-échantillons Simple : Préparation des échantillons pour le traitement
a. Vortexer vigoureusement les MagMAX CORE Magnetic Beads pour s’assurer que les billes sont
complètement resuspendues.
b. Mélanger les composants suivants pour le nombre requis d’échantillons plus 10 % d’excédent.
Composant Volume par échantillon
MagMAX CORE Lysis Solution 350 µl
MagMAX CORE Binding Solution 350 µl
MagMAX CORE Magnetic Beads 20 μl
Mélange de Lysis/Binding/Bead total 720 µl
c. Homogénéiser en retournant le tube ou la bouteille au moins 10 fois.
1Préparation du mélange
de Lysis/Binding/Bead
a. Ajouter 10 µl de MagMAX CORE Proteinase K dans les puits appropriés de la plaque ou de la
barrette de tubes d’échantillons.
b. Transférer 200 µl de chaque échantillon de sang total dans un puits ou un tube contenant le
MagMAX CORE Proteinase K.
c. Mélanger l’échantillon avec la protéinase K pendant 2 minutes à température ambiante selon la
méthode de votre choix.
Utilisation d’un agitateur de plaques : agiter vigoureusement pendant 2 minutes (voir
“Déterminer le réglage maximal de l’agitateur de plaques” en page 7).
Par pipetage : homogénéiser par plusieurs aspiration-refoulement, puis incuber 2 minutes
à température ambiante. (Pour le traitement en aval sur l’instrument KingFisher mL, vous
devez mélanger en pipetant.)
2Mélanger les échantillons
avec la PK, puis ajouter le
mélange de Lysis/ Binding/
Bead
8Guide complémentaire de VetMAX Schmallenberg Virus Kit
2Mélanger les
échantillons avec la
PK, puis ajouter le
mélange de Lysis/
Binding/ Bead (suite)
d. Retourner le tube contenant le mélange de Lysis/Binding/Bead plusieurs fois pour resuspendre
les billes, puis ajouter 720 µl de mélange de Lysis/Binding/Bead à chaque échantillon.
e. Passer immédiatement à “Placement des échantillons dans l’instrument” en page 9.
Méthode Simple : Préparation des échantillons pour le traitement
Préparer un nouveau mélange Bead/PK pour chaque test.
a. Vortexer vigoureusement les MagMAX CORE Magnetic Beads pour s’assurer que les billes sont
complètement resuspendues.
b. Mélanger les composants suivants pour le nombre requis d’échantillons plus 10 % d’excédent.
Composant Volume par échantillon
MagMAX CORE Magnetic Beads 20 µl
MagMAX CORE Proteinase K 10 µl
Mélange Bead/PK total 30 µl
(Facultatif) Conserver le mélange Bead/PK à 4°C pendant un maximum de 1 semaine.
1Préparation du mélange
Bead/PK
a. Mélanger les composants suivants pour le nombre requis d’échantillons plus 10 % d’excédent.
Composant Volume par échantillon
MagMAX CORE Lysis Solution 350 µl
MagMAX CORE Binding Solution 350 µl
Solution de Lysis/Binding totale 700 µl
b. Retourner le tube ou la bouteille au moins 10 fois pour mélanger.
2Préparation de la solution
de Lysis/Binding
a. Retourner plusieurs fois le tube de mélange Bead/PK pour resuspendre les billes, puis ajouter
30 µl de mélange Bead/PK dans les puits appropriés de la plaque d’échantillon ou de la barrette
de tubes.
b. Transférer 200 µl de chaque échantillon de sang total dans un puits ou un tube contenant le
mélange Bead/PK.
c. Mélanger l’échantillon avec le mélange Bead/PK pendant 2 minutes à température ambiante
selon la méthode de votre choix.
Utilisation d’un agitateur de plaques : agiter vigoureusement pendant 2 minutes (voir
“Déterminer le réglage maximal de l’agitateur de plaques” en page 7).
Par pipetage : homogénéiser par plusieurs aspiration-refoulement, puis incuber 2 minutes
à température ambiante. (Pour le traitement en aval sur l’instrument KingFisher mL, vous
devez mélanger en pipetant.)
d. Ajouter 700 µl de solution de Lysis/Binding dans chaque puits ou tube contenant un échantillon.
e. Passer immédiatement à “Placement des échantillons dans l’instrument” en page 9.
3Mélange des échantillons
avec le mélange Bead/PK
et la solution de
Lysis/Binding
Placement des échantillons dans l’instrument
1. Sélectionner le script approprié sur l’instrument (voir “Téléchargement et installation du script” en page 7).
Remarque : Pour un traitement rapide des échantillons, sélectionner l’un des scripts express suivants sur l’instrument.
·KingFisher Flex : MagMAX_CORE_Flex_Express.bdz
Guide complémentaire de VetMAX Schmallenberg Virus Kit 9
·KingFisher 96/MagMAX Express-96 : MMC_KF96_Express.kf2
2. Démarrer le test, puis charger les plaques préparées dans la position appropriée lorsque l’instrument vous invite à le faire.
Conserver l’acide nucléique purifié sur glace pour une utilisation immédiate, à -20°C pendant 1 mois maximum, ou à -80°C pour une
conservation à long terme.
Pour les échantillons traités avec un script express, réaliser une RT-PCR temps réel avec le profil thermique express (voir VetMAX
Schmallenberg Virus Kit Notice d’utilisation [Pub. N° MAN0007811]).
Purification de l’acide nucléique avec le MagVet Universal Isolation Kit (méthode automatisée)
Le protocole suivant peut être utilisé avec les instruments KingFisher Flex, KingFisher mL et MagMAX Express-96.
Avant la première utilisation du kit
Préparation du tampon de lyse NM1 Buer : ajouter 100 ml de tampon N1 Buer dans la bouteille contenant le tampon M1 Buer
(25 ml), puis vortexer pour bien mélanger.
Conserver le tampon de lyse NM1 Buer à température ambiante jusqu’à 1 an.
Avant chaque utilisation du kit
Préparation du mélange NM2+Beads : mélanger les composants suivants pour le nombre requis d’échantillons, plus 5 à 10 %
d’excédent, puis vortexer pour mélanger soigneusement.
Composant Volume par échantillon
Solution de binding NM2 600 µl
NM_LSI_Beads 20 µl
Jeter le mélange NM2+Beads après utilisation.
Réalisation de la procédure de purification
Ajouter les composants suivants dans les puits appropriés de la plaque d’échantillon ou de la barrette
de tubes.
Composant Volume par échantillon testé Volume par échantillon témoin purifié
Échantillon préparé 100 µl de sang total ou de sérum
100 µl de surnageant de tissu
NM1 Lysis Buer 250 µl 250 µl
1Lyse des échantillons
Préparer les plaques ou barrettes de tubes pour le traitement à l’extérieur de l’instrument comme
décrit dans le tableau suivant.
Position[1] Type de plaque[2] Réactif Volume par puits
2 Deep Well NM3 Wash Buer 600 µl
3 Deep Well NM4 Wash Buer 600 µl
4 Deep Well Éthanol à 80 % 600 µl
5 Standard NM6 Elution Buer 80 µl
6 Deep Well Placer un peigne protecteur dans la plaque ou la
barrette de tubes.
[1] Position sur l’instrument.
[2] Non applicable en cas d’utilisation de barrettes de tubes.
2Préparation des plaques
ou barrettes de tubes
pour le traitement
10 Guide complémentaire de VetMAX Schmallenberg Virus Kit
a. Vortexer vigoureusement le mélange NM2+Beads pour s’assurer que les billes sont
complètement resuspendues.
b. Ajouter 620 µl de mélange NM2+Beads à chaque échantillon et témoin.
c. Sélectionner le script approprié sur l’instrument.
• KingFisher Flex/MagMAX Express-96 : NM_LSI_RRC96
• KingFisher mL : NM_LSI_15prep
d. Démarrer le test, puis charger les plaques préparées dans la position appropriée lorsque
l’instrument vous invite à le faire.
Charger la plaque d’échantillons ou la barrette de tubes à la position 1 sur l’instrument.
Remarque : Si vous utilisez l’instrument KingFisher mL, charger le peigne et toutes les
barrettes de tubes en même temps. L’instrument ne vous invite pas à charger les éléments
individuellement.
e. À la fin du test, lorsque l’instrument le demande, retirer la plaque ou les tubes contenant l’acide
nucléique purifié.
Instrument Procédure
• KingFisher Flex
• MagMAX Express-96
Enlever la plaque en position 5 puis couvrir d’un film adhésif.
KingFisher mL Enlever la barrette de tubes et transférer l’acide nucléique purifié en
position 5 dans de nouveaux tubes de microcentrifugeuse.
Conserver les acides nucléiques purifiés entre 2°C et 8°C pour une utilisation immédiate ou en
dessous de -16°C pour une conservation à long terme.
3Placement des
échantillons dans
l’instrument
Purification de l’ARN avec le MagMAX-96 Viral RNA Isolation Kit (méthode automatisée)
Ce protocole peut être utilisé avec les instruments MagMAX Express-96.
Avant la première utilisation du kit
Préparer la solution de lavage 1 et la solution de lavage 2—Ajouter la quantité requise d’éthanol à 100 % au flacon du concentré de
solution de lavage 2 selon les recommandations du fournisseur.
Procédure de purification
a. Mélanger les composants suivants pour le nombre requis d’échantillons plus 10 % d’excédent,
puis vortexer brièvement pour mélanger.
Remarque : Le Carrier RNA peut prendre un aspect visqueux une fois décongelé. Si besoin,
réchauer la solution à 37°C pendant 10–15 minutes, vortexer vigoureusement, puis centrifuger
avant de pipeter.
Composant Volume par échantillon
Concentré de solution de Lysis/Binding 70 μl
Carrier RNA 1 μl
Concentré de solution de Lysis/Binding + Carrier RNA total 71 μl
1Préparation de la solution
de Lysis/Binding
Guide complémentaire de VetMAX Schmallenberg Virus Kit 11
1Préparation de
la solution de
Lysis/Binding (suite)
b. Ajouter de l’isopropanol à 100 % au mélange Concentré de solution de Lysis/Binding + Carrier
RNA, puis vortexer vigoureusement pour mélanger.
Composant Volume par échantillon
Concentré de solution de Lysis/Binding + Carrier RNA 71 μl
Isopropanol à 100 % 70 μl
Solution de Lysis/Binding totale 141 μl
c. Garder la solution de Lysis/Binding à température ambiante jusqu’à son utilisation.
Préparer le mélange Bead au moment de l’utilisation. Ne pas mélanger à l’avance.
a. Vortexer soigneusement les RNA Binding Beads pour s’assurer que les billes sont complètement
resuspendues.
b. Mélanger les composants suivants pour le nombre requis d’échantillons plus 10 % d’excédent.
Composant Volume par échantillon
RNA Binding Beads 10 µl
Lysis/Binding Enhancer 10 µl
Mélange Bead total 20 µl
c. Homogénéiser le mélange Bead par inversion jusqu’à obtenir une solution homogène, puis
placer sur glace jusqu’au moment de l’utilisation.
Éliminer le mélange Bead après utilisation.
2Préparation du mélange
Bead
Ajouter les composants suivants dans les puits appropriés de la plaque d’échantillon (plaque deep
well).
Composant Volume par échantillon testé Volume par échantillon témoin purifié
Échantillon préparé 50 µl de sang total ou de sérum
50 µl de surnageant de tissu
Mélange Bead 20 µl 20 µl
3Mélanger les échantillons
avec le mélange Bead
Préparer les plaques à l’extérieur de l’instrument comme décrit dans le tableau suivant.
Position[1] Type de plaque Réactif Volume par puits
2 Standard Wash Solution 1 170 µl
3 Standard Wash Solution 1 170 µl
4 Standard Wash Solution 2 170 µl
5 Standard Wash Solution 2 170 µl
6 Standard Elution Buer 50 µl
7 Standard Placer un peigne protecteur dans la plaque.
[1] Position sur l’instrument.
4Préparation des plaques
ou barrettes de tubes
pour le traitement
a. Ajouter 140 µl de solution de Lysis/Binding à chaque échantillon et contrôle.
b. Sélectionner le script AM_LSI_Express sur l’instrument :
5Traitement des
échantillons sur
l’instrument
12 Guide complémentaire de VetMAX Schmallenberg Virus Kit
5Traitement des
échantillons sur
l’instrument (suite)
c. Démarrer le test, puis charger les plaques préparées dans la position appropriée lorsque
l’instrument vous invite à le faire.
Charger la plaque d’échantillons ou la barrette de tubes à la position 1 sur l’instrument.
d. À la fin du test, lorsque l’instrument le demande, retirer la plaque à la position 6, puis transférer
l’ARN purifié dans la plaque de conservation des éluats (fournie dans le kit) ou dans de nouvelles
centrifugeuses de paillasse.
Conserver l’ARN entre 2°C et 8°C pour une utilisation immédiate ou en dessous de -16°C pour une
conservation à long terme.
Purification de l’ARN avec le QIAamp Viral RNA Mini Kit (méthode manuelle)
Avant la première utilisation du kit
Reconstitution du tampon AVL+Carrier : à réaliser selon les recommandations du fournisseur.
Reconstitution des tampons AW1 et AW2 : ajouter le volume requis d’éthanol à 96–100 % selon les recommandations du
fournisseur.
Réalisation de la procédure de purification
a. Mélanger les composants suivants dans l’ordre indiqué, puis passer immédiatement à l’étape
suivante.
Composant Volume par échantillon testé Volume par échantillon témoin
purifié
Échantillon préparé
100 µl de sang total ou de
sérum
100 µl de surnageant de tissu
Eau sans nucléase 100 µl
AVL+Carrier Buer 560 µl 560 µl
b. Vortexer pendant 15 secondes.
c. Incuber à température ambiante pendant 10 minutes.
d. Ajouter 560 µl d’éthanol à 96–100 % sur chaque échantillon, vortexer pendant 15 secondes, puis
centrifuger rapidement pour prélever le contenu.
1Lyse et homogénéisation
des échantillons
a. Insérer une colonne de QIAamp Viral RNA Mini Kit dans un tube collecteur, puis transférer
630 μl de l’échantillon sur la colonne.
b. Boucher la colonne, puis centrifuger l’ensemble à 10 000 × g pendant 1 minute.
c. Jeter le tube collecteur puis positionner la colonne sur un nouveau tube collecteur.
d. Transférer le volume restant de l’échantillon sur la colonne, boucher la colonne, puis centrifuger
à 10 000 × g pendant 1 minute.
e. Jeter le tube collecteur, puis positionner la colonne sur un nouveau tube collecteur.
2Liaison de l’ARN à la
colonne
Guide complémentaire de VetMAX Schmallenberg Virus Kit 13
a. Ajouter 500 μl de tampon AW1 Buer à chaque colonne, boucher la colonne, puis centrifuger à
10 000 × g pendant 1 minute.
b. Jeter le tube collecteur puis positionner la colonne sur un nouveau tube collecteur.
c. Ajouter 500 μl de tampon AW2 Buer à chaque colonne, boucher la colonne, puis centrifuger à
10 000 × g pendant 1 minute.
d. Jeter le tube collecteur puis positionner la colonne sur un nouveau tube collecteur.
e. Centrifuger à 10 000 × g pendant 3 minutes pour sécher la membrane.
f. Jeter le tube collecteur.
g. Placer la colonne sur un nouveau microtube de 1,5 ml, puis ajouter 40 µl de tampon AVE.
h. Boucher la colonne, puis incuber à température ambiante pendant 1 minute.
i. Centrifuger à 6 000 × g pendant 2 minutes, puis jeter la colonne.
LARN purifié se trouve dans le microtube.
Conserver l’ARN purifié entre 2°C et 8°C pour une utilisation immédiate ou en dessous de 16°C pour
une conservation à long terme.
3Lavage, puis élution de
l’ARN
Purification de l’ARN avec le kit NucleoSpin RNA Virus (méthode manuelle)
Avant la première utilisation du kit
Reconstitution du tampon RAV1+Carrier : à réaliser selon les recommandations du fournisseur.
Reconstitution du tampon RAV3 : ajouter le volume requis d’éthanol à 96–100 % selon les recommandations du fournisseur.
Réalisation de la procédure de purification
a. Mélanger les composants suivants dans l’ordre indiqué, puis passer immédiatement à l’étape
suivante.
Composant Volume par échantillon testé Volume par échantillon témoin
purifié
Échantillon préparé
100 µl de sang total ou de
sérum
100 µl de surnageant de tissu
Eau sans nucléase 100 µl
RAV1+Carrier Buer 560 µl 560 µl
b. Vortexer pendant 15 secondes.
c. Incuber à température ambiante pendant 10 minutes.
Remarque : En cas de sang coagulé, incuber 10 minutes à 70°C.
d. Ajouter 560 µl d’éthanol à 96–100 % sur chaque échantillon, vortexer pendant 15 secondes, puis
centrifuger rapidement pour prélever le contenu.
1Lyse et homogénéisation
des échantillons
14 Guide complémentaire de VetMAX Schmallenberg Virus Kit
a. Insérer une colonne de kit NucleoSpin RNA Virus dans un tube collecteur, puis transférer 630 μl
de l’échantillon sur la colonne.
b. Boucher la colonne, puis centrifuger l’ensemble à 10 000 × g pendant 1 minute.
c. Jeter le tube collecteur, puis positionner la colonne sur un nouveau tube collecteur.
d. Transférer le volume restant de l’échantillon sur la colonne, boucher la colonne, puis centrifuger
à 10 000 × g pendant 1 minute.
e. Jeter le tube collecteur, puis positionner la colonne sur un nouveau tube collecteur.
2Liaison de l’ARN à la
colonne
a. Ajouter 500 μl de tampon RAW sur chaque colonne, boucher les colonnes, puis centrifuger à
10 000 × g pendant 1 minute.
b. Jeter le tube collecteur, puis positionner la colonne sur un nouveau tube collecteur.
c. Ajouter 630 μl de tampon RAV3 sur chaque colonne, boucher les colonnes, puis centrifuger à
10 000 × g pendant 1 minute.
d. Jeter le tube collecteur, puis positionner la colonne sur un nouveau tube collecteur.
e. Centrifuger à 10 000 × g pendant 3 minutes pour sécher la membrane.
f. Jeter le tube collecteur.
g. Positionner la colonne sur un nouveau microtube de 1,5 ml et ajouter 50 µl d’eau sans nucléase.
h. Boucher la colonne puis incuber à température ambiante pendant 1 minute.
i. Centrifuger à 10 000 × g pendant 1 minute, puis jeter la colonne.
LARN purifié se trouve dans le microtube.
Conserver l’ARN purifié entre 2°C et 8°C pour une utilisation immédiate ou en dessous de -16°C pour
une conservation à long terme.
3Lavage, puis élution de
l’ARN
Purification de l’ARN avec le kit NucleoSpin 8 Virus/NucleoSpin 96 Virus (méthode manuelle)
Avant la première utilisation du kit
Reconstitution du tampon RAV1+Carrier : à réaliser selon les recommandations du fournisseur.
Reconstitution du tampon RAV3 : ajouter le volume requis d’éthanol à 96–100 % selon les recommandations du fournisseur.
Reconstitution de la PK : ajouter le volume requis de tampon PB Buer selon les recommandations du fournisseur.
Réalisation de la procédure de purification
a. Mélanger les composants suivants dans une plaque de lyse (MN RoundWell Block) ou une
barrette de lyse (rack de barrettes de tubes), puis passer immédiatement à l’étape suivante.
Composant Volume par échantillon testé Volume par échantillon témoin
purifié
Échantillon préparé
100 µl de sang total ou de
sérum
100 µl de surnageant de tissu
Eau sans nucléase 100 µl
RAV1+Carrier Buer 400 µl 400 µl
Protéinase K 20 μl 20 μl
1Lyse et homogénéisation
des échantillons
Guide complémentaire de VetMAX Schmallenberg Virus Kit 15
1Lyse et
homogénéisation des
échantillons (suite)
b. Homogénéiser par aspiration-refoulement 4-5 fois pour mélanger, puis sceller la plaque avec un
film adhésif.
c. Incuber à 70 pendant 10 minutes.
d. Laisser refroidir les broyats, puis centrifuger brièvement les broyats pour faire diminuer la
condensation.
e. Ajouter 400 µl d’éthanol à 96-100% à chaque broyat, puis homogénéiser 10 à 15 fois par
aspiration-refoulement.
a. Placer une NucleoSpin Virus Binding Plate (plaque d’extraction) ou une NucleoSpin Virus
Binding Strip (barrette d’extraction) sur un nouveau MN SquareWell Block, puis transférer
chaque broyat vers les puits appropriés de la plaque/barrette d’extraction.
b. Sceller la plaque/barrette d’extraction avec un film adhésif, puis centrifuger l’ensemble à
5 600 x g pendant 2 minutes.
c. Jeter le MN SquareWell Block, puis placer la plaque/barrette d’extraction sur un nouveau MN
SquareWell Block.
2Liaison de l’ARN à la
colonne
Préchauer un aliquot d’eau exempte de nucléase à 70°C.
a. Ajouter 500 µl de tampon RAW dans chaque puits, fermer à l’aide d’un film adhésif, puis
centrifuger 2 minutes à 5 600 × g.
b. Jeter le MN SquareWell Block, puis placer la plaque/barrette d’extraction sur un nouveau MN
SquareWell Block.
c. Ajouter 700 µl de tampon RAV3 dans chaque puits, fermer à l’aide d’un film adhésif, puis
centrifuger 2 minutes à 5 600 × g.
d. Jeter le MN SquareWell Block, puis placer la plaque/barrette d’extraction sur un nouveau MN
SquareWell Block.
e. Ajouter 700 µl de tampon RAV3 dans chaque puits, fermer à l’aide d’un film adhésif, puis
centrifuger 15 minutes à 5 600 × g.
f. Jeter le MN SquareWell Block.
g. Placer la plaque/barrette d’extraction sur une plaque ou barrette d’élution, puis ajouter 80 μl
d’eau exempte de nucléase (préchauée à 70°C) à chaque puits.
h. Sceller la plaque/barrette d’extraction avec du film adhésif, puis incuber à température ambiante
pendant 1–2 minutes.
i. Centrifuger à 5 600 × g pendant 2 minutes, puis jeter la plaque/barrette d’extraction.
LARN purifié se trouve dans la plaque/barrette d’élution.
Conserver l’ARN purifié entre 2°C et 8°C pour une utilisation immédiate ou en dessous de -16°C pour
une conservation à long terme.
3Lavage, puis élution de
l’ARN
Bonnes pratiques de laboratoire pour la PCR et la RT-PCR
Porter des gants et une blouse de laboratoire propres.
Ne pas porter les mêmes gants et la même blouse que ceux précédemment portés pour manipuler des produits amplifiés ou
préparer des échantillons.
Changer systématiquement de gants en cas de doute quant à leur contamination possible.
Maintenir des zones distinctes ainsi que des équipements et des fournitures dédiés pour les étapes suivantes :
Préparation des échantillons et configuration de la réaction.
Amplification et analyse des produits.
16 Guide complémentaire de VetMAX Schmallenberg Virus Kit
Ne pas introduire les produits amplifiés dans la zone pré-PCR de la réaction.
Ouvrir et fermer tous les tubes d’échantillon avec soin. Éviter toute projection ou création d’aérosols.
Maintenir les composants et les réactifs fermés dans la mesure du possible.
Utiliser une pipette à piston ou des embouts de pipette résistant aux aérosols.
Nettoyer régulièrement les paillasses et équipements de laboratoire avec une solution d’eau de Javel à 10 % ou une solution de
décontamination ADN.
Annexe A Purification avec l’instrument KingFisher Duo Prime ou KingFisher mL
Suivre cette procédure pour la purification avec le MagMAX CORE Nucleic Acid Purification Kit à l’aide de l’instrument KingFisher Duo
Prime ou KingFisher mL.
Matériels requis non fournis
Tableau 9 Matériels requis pour le traitement avec les instruments KingFisher Duo Prime et KingFisher mL
Article Source[1]
Consommables pour l’instrument KingFisher Duo Prime
KingFisher Duo Pack Combi pour plaque Microtiter 96 Deepwell (peignes, plaques et barrettes
d’élution pour 96 échantillons) 97003530
KingFisher Duo Elution Strip (pack de 40)[2] 97003520
KingFisher Duo Peigne à 12 pointes pour plaque Microtiter 96 Deepwell (pack de 50)[2] 97003500
KingFisher Flex Microtiter Deep-Well 96 plates[2] 95040460
Consommables pour l’instrument KingFisher mL
KingFisher mL Tubes et peignes (pour 240 échantillons) 97002141
KingFisher mL Peigne (800 unités) 97002111
KingFisher mL Tube (20 x 45 unités) 97002121
[1] Sauf indication contraire, tous les produits sont disponibles sur thermofisher.com. « PFL » indique que le mariel est disponible sur fisherscientific.com ou aups d'un autre grand
fournisseur de laboratoire.
[2] Inclus dans le pack KingFisher Duo Combi (Réf. 97003530).
Procédure de purification
Remarque : Quand le protocole de traitement est réalisé à l’aide d’un instrument KingFisher mL, mélanger les échantillons par
aspiration-refoulement. Ne pas utiliser d’agitateur de plaques avec les barrettes de tubes requises par l’instrument.
1. Suivre le protocole, de la préparation du lysat d’échantillon au mélange des échantillons avec les billes et la solution de lyse.
Remarque : Ne pas préparer les plaques ou les tubes pour le traitement avant d’avoir préparé les échantillons.
Guide complémentaire de VetMAX Schmallenberg Virus Kit 17
2. Ajouter les MagMAX CORE Wash Solutions et MagMAX CORE Elution Buer aux emplacements indiqués, selon votre instrument.
Tableau 10 Configuration de la plaque : Instrument KingFisher Duo Prime
ID de la ligne Ligne sur la plaque Type de plaque Réactif Volume par puits
Échantillon A Deep Well Mélange billes/lysat d’échantillon Varie selon l’échantillon
Lavage 1 B MagMAX CORE Wash Solution 1 500 µl
Lavage 2 C MagMAX CORE Wash Solution 2 500 µl
Élution[1] Barrette de tubes
séparée[2] Barrette d’élution MagMAX CORE Elution Buer 90 µl
Peigne H Deep Well Placer un peigne protecteur dans la plaque.
[1] S’assurer que la barrette d’élution est placée dans le bon sens dans le bloc d’élution.
[2] Plae sur l’ément chauffant.
Tableau 11 Configuration de la barrette de tubes : Instrument KingFisher mL
ID de la position Position de la
barrette de tubes Tube Réactif Volume par puits
Échantillon 1 Standard Mélange billes/lysat d’échantillon Varie selon l’échantillon
Lavage 1 2 MagMAX CORE Wash Solution 1 500 µl
Lavage 2 3 MagMAX CORE Wash Solution 2 500 µl
Élution 4 MagMAX CORE Elution Buer 90 µl
Peigne S/O S/O Glisser le peigne dans le support pour peigne.
3. Sélectionner le script approprié sur l’instrument (voir “Téléchargement et installation du script” en page 7).
Remarque : Pour un traitement rapide des échantillons, sélectionner l’un des scripts express suivants sur l’instrument.
·KingFisher Duo Prime : MagMAX_CORE_DUO_Express.bdz
·KingFisher mL : MagMAX_CORE_mL_Express.bdz
4. Démarrer le test, puis charger les plaques préparées ou les barrettes de tubes dans l’instrument en même temps. L’instrument ne
vous invite pas à charger les éléments individuellement.
Conserver l’acide nucléique purifié sur glace pour une utilisation immédiate, à -20°C pendant 1 mois maximum, ou à -80°C pour une
conservation à long terme.
Pour les échantillons traités avec un script express, réaliser une RT-PCR temps réel avec le profil thermique express (voir VetMAX
Schmallenberg Virus Kit Notice d’utilisation [Pub. N° MAN0007811]).
Annexe B Documentation et support
Assistance à la clientèle et support technique
Visiter thermofisher.com/support pour obtenir les informations les plus récentes sur les services et le support.
Numéros de téléphone de contact internationaux
Informations sur le support produit
FAQ relatives aux produits
Logiciels, correctifs et mises à jour
Formations sur de nombreux instruments et applications
Commandes et assistance en ligne
Documentation produit
Guides de l’utilisateur, manuels et protocoles
Certificats d’analyse
Fiches de données de sécurité (FDS)
Remarque : Pour obtenir les FDS relatives aux réactifs et produits chimiques d’autres fabricants, contacter ces derniers.
18 Guide complémentaire de VetMAX Schmallenberg Virus Kit
Garantie limitée du produit
Life Technologies Corporation et ses filiales garantissent leurs produits selon les termes et conditions générales de ventes disponibles
sur le site www.thermofisher.com/us/en/home/global/terms-and-conditions.html. Si vous avez des questions, vous pouvez prendre
contact avec Life Technologies à l’adresse web suivante : www.thermofisher.com/support.
Personne morale : Life Technologies Corporation | Carlsbad, CA 92008 États-Unis | Numéro gratuit aux États-Unis 1 800 955 6288
Les informations contenues dans ce guide sont susceptibles d’être modifiées sans préavis.
CLAUSE DE NON-RESPONSABILITÉ: DANS LA MESURE PERMISE PAR LA LOI, THERMO FISHER SCIENTIFIC INC. ET/OU SA OU SES FILIALE(S) NE SAURAIENT ÊTRE TENUES
RESPONSABLES DE DOMMAGES SPÉCIAUX, ACCESSOIRES, INDIRECTS, PUNITIFS, MULTIPLES OU CONSÉCUTIFS LIÉS AU PRÉSENT DOCUMENT OU A SON USAGE OU EN
RÉSULTANT.
Traduit de l’anglais, publication numéro MAN0019464 Rév. A.0.
Historique des révisions: Pub. Nº MAN0019464
Révision Date Description
A.0 28 septembre 2020 Nouveau document traduit à partir d’un document en français (MAN0008246 Rév. C.0) avec les mises à jour suivantes :
Ajout du protocole MagMAX CORE Nucleic Acid Purification Kit.
Modifications mineures de la formulation et de la mise en page pour plus de cohérence avec les documents connexes.
Informations importantes sur les licences : Ces produits peuvent être couverts par une ou plusieurs licences à usage limité. En utilisant ces produits, vous acceptez les conditions
générales de toutes les licences à usage limité.
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thermofisher.com/support | thermofisher.com/askaquestion
thermofisher.com
16 Décembre 2020
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Thermo Fisher Scientific VetMAX Schmallenberg Virus Kit Mode d'emploi

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