Thermo Fisher Scientific Analyseur génétique 3100 ABI PRISM® Mode d'emploi

Analyseur génétique

3100 ABI PRISM®

Guide de démarrage rapide pour l’analyse de

fragment

For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.

FOR LIMITED LICENSE INFORMATION, PLEASE SEE THE ABI PRISM®3100 GENETIC ANALYZER USER’S MANUAL.

The ABI PRISM® 3100 Genetic Analyzer includes patented technology licensed from Hitachi, Ltd. as part of a strategic partnership between Applied

Biosystems and Hitachi, Ltd., as well as patented technology of Applied Biosystems.

ABI PRISM and its design, Applied Biosystems, BioLIMS, GeneScan, Genotyper, and MicroAmp are registered trademarks of Applera Corporation or its

subsidiaries in the U.S. and certain other countries.

ABI, BigDye, Factura, Hi-Di, POP, POP-4, and POP-6 are trademarks of Applera Corporation or its subsidiaries in the U.S. and certain other countries.

AmpliTaq is a registered trademark of Roche Molecular Systems, Inc.

Microsoft, Windows, and Windows NT are registered trademarks of the Microsoft Corporation in the United States and other countries.

Oracle is a registered trademark of the Oracle Corporation.

pGEM is a registered trademark of Promega Corporation.

All other trademarks are the sole property of their respective owners.

Applied Biosystems vast distribution and service network, composed of highly trained support and applications personnel, reaches into 150 countries on

six continents. For international office locations, please call our local office or refer to our web site at www.appliedbiosystems.com.

Applera Corporation is committed to providing the world’s leading technology and information for life scientists. Applera Corporation consists of the

Applied Biosystems and Celera Genomics businesses.

Sommaire

i

1 Introduction

Présentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-1

A propos de ce manuel. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-2

Pour plus d’informations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-2

Support technique. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-3

Sécurité. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-8

2 Exécution d’une analyse de fragment

Présentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-1

Avant de commencer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-2

Préparation de l’échantillon . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-3

Démarrage du logiciel 3100 Data Collection. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-4

Réglage des préférences sur le logiciel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-6

Utilisation des ensembles plaques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-8

Vérification et remplissage des liquides. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-10

Positionnement de la plaque sur le passeur d'échantillons. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-13

Création d’un enregistrement de plaque. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-14

Liaison d’une plaque . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-20

Démarrage et surveillance de la série. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-23

Arrêt d’une série et récupération des données . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-24

Affichage, modification ou création d’un module d'électrophorèse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-25

Affichage et modification d’un module d’analyse. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-27

3 Affichage et analyse des données

Présentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-1

Affichage des données brutes d’une série terminée dans le logiciel de collecte des données . . 3-2

Affichage des données analysées. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-5

Analyse ou réanalyse des données . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-12

4 Calibrations spatiale et spectrale

Présentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-1

Exécution d’une calibration spatiale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-2

Exécution d’une calibration spectrale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-6

ii

5 Entretien de l’instrument

Présentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-1

Listes des travaux de maintenance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-2

Elimination des bulles d’air du bloc polymère supérieur . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-4

Vérification de l’espace disque disponible . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-5

Nettoyage et inspection des seringues. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-6

Retrait des blocs polymère . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-9

Nettoyage des blocs polymère. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-10

Montage du polymère frais sur l’instrument . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-11

Avant d’installer une barrette capillaire précédemment utilisée . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-12

Installation et retrait de la barrette capillaire. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-13

Stockage d’une barrette capillaire . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-15

Arrêt de l’instrument . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-16

A Préparation du formamide

Désionisation et stockage du formamide. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-1

Index

Introduction 1-1

Introduction 1

Présentation

Dans ce chapitre Ce chapitre contient les sections suivantes :

Section Voir page

A propos de ce manuel 1-2

Pour plus d’informations 1-2

Support technique 1-3

Sécurité 1-8

1

1-2 Introduction

A propos de ce manuel

Objet Le but de ce manuel est de fournir des instructions élémentaires pour permettre :

♦d’effectuer une analyse de fragment

♦d’analyser les résultats

♦de calibrer et d’effectuer la maintenance périodique de l’Analyseur génétique

3100 ABI PRISM®

Pour plus d’informations

Où trouver des

informations

complémentaires

Autres manuels et guides relatifs à l’Analyseur génétique 3100 :

Pour lire... Consulter le... Référence

des informations ou consignes de sécurité sur la

préparation en laboratoire de l’Analyseur

génétique 3100

Guide de sécurité et de préparation du site de

l’analyseur génétique 3100 ABI PRISM 4324533

des informations détaillées sur l’Analyseur

génétique 3100 Manuel d’utilisation de l’analyseur génétique 3100

ABI PRISM 4315834

des informations détaillées sur l’analyse et

l’affichage des données de fragment à l'aide du

logiciel d’analyse ABI PRISM® GeneScan®

Manuel d’utilisation du logiciel d’analyse

GeneScan v. 3.7 ABI PRISM 4308923

une procédure abrégée illustrant une analyse de

sequençage typique, l’affichage et l’analyse des

données d’exploitation et l’exécution des

opérations de maintenance courantes

Guide de démarrage rapide du séquençage sur

l’Analyseur génétique 3100 ABI PRISM 4315833

Introduction 1-3

Support technique

Comment contacter

le support technique Le support technique Applied Biosystems peut être consulté par téléphone ou

télécopie, par courrier électronique ou sur l’Internet. Nos clients peuvent commander

des documents utilisateur, des fiches signalétiques, des certificats d’analyse

Applied Biosystems et d’autres documents apparentés 24 heures sur 24. Les

utilisateurs peuvent en outre télécharger des documents en format PDF à partir du

site Web Applied Biosystems (lire la section « Pour obtenir des documents sur

demande » après les informations téléphoniques ci-dessous).

Contacter le support

technique par

courrier

électronique

Contacter le support technique par courrier électronique pour obtenir de l’aide sur les

produits suivants :

Heures d’accès

téléphonique du

support technique

Le support technique est accessible au Canada et aux Etats-Unis aux heures

suivantes :

Contacter le support

technique par

téléphone ou fax

En Amérique du Nord

Pour contacter le support technique de Applied Biosystems, utiliser les numéros de

téléphone ou de télécopie fournis ci-dessous. (Pour un appel de service liés à d’autres

besoins techniques ou en cas d’urgence, composer le 1-800-831-6844 et appuyer

sur 1.)

Type de produit Adresse email

Analyse génétique (séquençage d’ADN) galab@appliedbiosystems.com

Systèmes de détection séquentielle et ACP

(PCR) pcrlab@appliedbiosystems.com

Séquençage de protéines,

Synthèse d’ADN et de peptides corelab@appliedbiosystems.com

Biochromatographie, systèmes de synthèse

peptidique, PNA et ADN PerSeptive,

spectromètres de masse CytoFluor®,

FMAT™, Voyager™ et Mariner™

tsupport@appliedbiosystems.com

Applied Biosystems/MDS Sciex support@sciex.com

Chimioluminescence (Tropix) tropix@appliedbiosystems.com

Produit Heures

Chimioluminescence de 8 h 30 à 17 h 30 (Heure de l’Est)

Support Framingham de 08 h 00 à 18 h 00 (Heure de l’Est)

Tous les autres produits de 05 h 30 à 17 h 00 (Heure du Pacifique)

Produit ou

Type de produit Par téléphone

Composer... Par télécopie

Composer...

Analyseur d’ADN 3700 ABI PRISM®1-800-831-6844,

et appuyer sur 81-650-638-5981

Synthèse d’ADN 1-800-831-6844,

et appuyer sur 21 1-650-638-5981

1-4 Introduction

Séquençage d’ADN fluorescent 1-800-831-6844,

et appuyer sur 22 1-650-638-5981

Analyse de fragments fluorescents

(Incluant les applications de GeneScan®)1-800-831-6844,

et appuyer sur 23 1-650-638-5981

Cyclages thermiques intégrés (Instru-

ments ABI PRISM® 877 et Catalyst 800) 1-800-831-6844,

et appuyer sur 24 1-650-638-5981

Analyseur génétique 3100 ABI PRISM®1-800-831-6844,

et appuyer sur 26 1-650-638-5981

BioInformatique (incluant les applications

BioLIMS®, BioMerge® et SQL GT® )1-800-831-6844,

et appuyer sur 25 1-505-982-7690

Synthèse peptidique (systèmes 433 et

43X) 1-800-831-6844,

et appuyer sur 31 1-650-638-5981

Sequençage des protéines (Systèmes

de séquençage de protéines Procise®)1-800-831-6844,

et appuyer sur 32 1-650-638-5981

Détection séquentielle et ACP (PCR) 1-800-762-4001,

appuyer sur 1 pour

ACP, 2 pour le 7700 ou

le 5700, 6 pour le 6700

ou composer le

1-800-831-6844, et

appuyer sur 5

1-240-453-4613

Biospectrométrie MALDI-TOF Voyager™

et stations de spectrométrie de masse

ESI-TOF Mariner™

1-800-899-5858,

et appuyer sur 13 1-508-383-7855

Biochromatographie (stations BioCAD®

et appareils chromatographiques de

perfusion Poros®)

1-800-899-5858,

et appuyer sur 14 1-508-383-7855

Systèmes de synthèse d’acide nucléique

Expedite™1-800-899-5858,

et appuyer sur 15 1-508-383-7855

Synthèse peptidique (synthétiseurs

peptidiques Pioneer™ et 9050 Plus) 1-800-899-5858,

et appuyer sur 15 1-508-383-7855

Synthèse et PNA personnalisé1-800-899-5858,

et appuyer sur 15 1-508-383-7855

Système FMAT™ 8100 HTS et lecteur

de plaque par fluorescence CytoFluor®

4000

1-800-899-5858,

et appuyer sur 16 1-508-383-7855

Chimioluminescence (Tropix) 1-800-542-2369 (uni-

quement aux

Etats-Unis), ou

1-781-271-0045

1-781-275-8581

Applied Biosystems/MDS Sciex 1-800-952-4716 1-508-383-7899

Produit ou

Type de produit Par téléphone

Composer... Par télécopie

Composer...

Introduction 1-5

En dehors de l’Amérique du Nord

Région Par téléphone

Composer... Par télécopie

Composer...

Afrique et Moyen-Orient

Afrique (anglophone) et Asie occidentale

(Fairlands, Afrique du Sud) 27 11 478 0411 27 11 478 0349

Afrique du Sud (Johannesburg) 27 11 478 0411 27 11 478 0349

Moyen-Orient et Afrique du Nord

(Monza, Italie) 39 (0)39 8389 481 39 (0)39 8389 493

Extrême-Orient, Chine, Océanie

Australie (Scoresby, Victoria) 61 3 9730 8600 61 3 9730 8799

Chine (Pékin) 86 10 64106608 86 10 64106617

Hong-Kong 852 2756 6928 852 2756 6968

Corée (Séoul) 82 2 593 6470/6471 82 2 593 6472

Malaisie (Petaling Jaya) 60 3 758 8268 60 3 754 9043

Singapour 65 896 2168 65 896 2147

Taïwan (Taïpei Hsien) 886 2 22358 2838 886 2 2358 2839

Thaïlande (Bangkok) 66 2 719 6405 66 2 319 9788

Europe

Autriche (Vienne) 43 (0)1 867 35 75 0 43 (0)1 867 35 75 11

Belgique 32 (0)2 712 5555 32 (0)2 712 5516

République tchèque et Slovaquie

(Prague) 420 2 61 222 164 420 2 61 222 168

Danemark (Naerum) 45 45 58 60 00 45 45 58 60 01

Finlande (Espoo) 358 (0)9 251 24 250 358 (0)9 251 24 243

France (Paris) 33 (0)1 69 59 85 85 33 (0)1 69 59 85 00

Allemagne (Weiterstadt) 49 (0) 6150 101 0 49 (0) 6150 101 101

Hongrie (Budapest) 36 (0)1 270 8398 36 (0)1 270 8288

Italie (Milan) 39 (0)39 83891 39 (0)39 838 9492

Norvège (Oslo) 47 23 12 06 05 47 23 12 05 75

Pologne, Lituanie, Lettonie et Estonie

(Varsovie) 48 (22) 866 40 10 48 (22) 866 40 20

Portugal (Lisbonne) 351 (0)22 605 33 14 351 (0)22 605 33 15

Russie (Moscou) 7 095 935 8888 7 095 564 8787

Europe des Balkans (Zagreb, Croatie) 385 1 34 91 927 385 1 34 91 840

Espagne (Tres Cantos) 34 (0)91 806 1210 34 (0)91 806 1206

Suède (Stockholm) 46 (0)8 619 4400 46 (0)8 619 4401

Suisse (Rotkreuz) 41 (0)41 799 7777 41 (0)41 790 0676

Pays-Bas (Nieuwerkerk a/d IJssel) 31 (0)180 331400 31 (0)180 331409

Royaume-Uni (Warrington, Cheshire) 44 (0)1925 825650 44 (0)1925 282502

Tous les autres pays non cités

(Warrington, UK) 44 (0)1925 282481 44 (0)1925 282509

Japon

Japon (Hacchobori, Chuo-Ku, Tokyo) 81 3 5566 6230 81 3 5566 6507

Amérique latine

Del.A. Obregon, Mexique 305-670-4350 305-670-4349

1-6 Introduction

Accéder au support

technique sur

l’Internet

Nous encourageons vivement nos clients à visiter notre site Web pour consulter le

forum aux questions et en savoir plus sur nos produits. Les utilisateurs peuvent

également commander nos documents techniques ou un index des documents

disponibles afin de les recevoir par télécopie ou par courrier électronique depuis notre

site. L’adresse du site Web Applied Biosystems est

http://www.appliedbiosystems.com/techsupp

Obtenir des

documents sur

demande

Un accès gratuit 24 h/24 aux documents techniques Applied Biosystems, notamment

aux fiches signalétiques, est accessible par télécopie ou par courrier électronique ou

à partir du site Web.

Pour envoyer des questions techniques depuis l’Amérique du Nord ou l’Europe :

Etape Action

1Accéder au site Web du support technique Applied Biosystems.

2Sous l’en-tête Troubleshooting (Dépannage), cliquer sur Support Request Forms

(Formulaires de demande de service), et sélectionner la zone de support

correspondant au type de produit voulu.

3Entrer les informations demandées et la question dans le formulaire affiché, et

cliquer sur Ask Us RIGHT NOW (Posez votre question maintenant) (bouton bleu et

texte jaune).

4Entrer les informations requises dans le formulaire suivant (si cela n’a pas déjà été

fait), et cliquer sur Ask Us RIGHT NOW.

L’un de nos experts répondra à la question par voie électronique dans les 24 à 48

heures.

Pour

commander les

documents... Procédure...

par numéro

d’index a. Accéder au site Web du support technique Applied Biosystems à

http://www.appliedbiosystems.com/techsupp

b. Cliquer sur le lien Index pour le type de document voulu, puis

identifier le document et noter le numéro d’index.

c. Utiliser le numéro d’index pour demander les documents en fonction

des procédures ci-dessous.

par téléphone

pour une réponse

télécopiée

a. Au Canada et aux Etats-Unis, appeler le 1-800-487-6809, ou

en dehors du Canada et des Etats-Unis, appeler le 1-858-712-0317.

b. Suivre les instructions vocales pour commander les documents

voulus.

Remarque La limite est de cinq documents par demande.

Introduction 1-7

sur l’Internet pour

une réponse

télécopiée ou par

courrier

électronique

a. Accéder au site Web du support technique Applied Biosystems à

http://www.appliedbiosystems.com/techsupp

b. Sous Resource Libraries (Bibliothèques de ressources), cliquer sur

le type de document voulu.

c. Entrer ou sélectionner les informations demandées sur le formulaire

affiché, et cliquer sur Search (Rechercher).

d. Dans les résultats de recherche affichés, sélectionner la case à

cocher associée au mode de livraison voulu pour chaque document

identifié lors de la recherche, et cliquer sur Deliver Selected

Documents Now (Envoyer les documents sélectionnés maintenant)

(ou cliquer sur l’icône PDF pour télécharger le document

immédiatement).

e. Remplir le formulaire de renseignements (si cela n’a pas déjà été

fait), et cliquer sur Deliver Selected Documents Now pour envoyer la

commande.

Remarque La limite est de cinq documents par demande à délivrer par

fax, et aucune limite sur les documents envoyés par courrier

électronique.

Pour

commander les

documents... Procédure...

1-8 Introduction

Sécurité

Mises en garde à

l'attention des

utilisateurs

Cinq types de mise en garde apparaissent dans la documentation destinée aux

utilisateurs des instruments Applied Biosystems. Chaque mot implique un degré de

mise en garde ou l'une des actions décrites ci-dessous.

Remarque Signale des informations utiles.

IMPORTANT Indique des informations nécessaires au bon fonctionnement de l'instrument.

Indique une situation potentiellement dangereuse susceptible d'entraîner

des blessures légères ou mineures si elle n’est pas évitée. Ce message peut aussi servir de

mise en garde contre les pratiques dangereuses.

Indique une situation potentiellement dangereuse susceptible

d'entraîner des blessures graves voire la mort si elle n’est pas évitée.

Indique une situation dangereuse imminente qui entraînera des blessures

graves voire la mort si elle n'est pas évitée. Cette mise en garde doit être limitée aux situations

les plus extrêmes.

Mise en garde sur les

dangers chimiques DANGER CHIMIQUE. Certains produits chimiques utilisés avec les

instruments et les protocoles Applied Biosystems sont potentiellement dangereux ; ils peuvent

entraîner des blessures, des maladies, voire la mort.

♦Lire et comprendre les fiches signalétiques (MSDS) sur la sécurité des produits

chimiques fournies par le fabricant avant de stocker, manipuler ou utiliser les

matériaux dangereux ou les produits chimiques.

♦Limiter les contacts et éviter les inhalations des produits chimiques. Porter des

équipements de protection appropriés en maniant les produits chimiques (par ex.

lunettes de sûreté, gants ou vêtements de protection). Consulter la fiche

signalétique pour les autres consignes de sécurité.

♦Ne pas laisser les récipients des produits chimiques ouverts. Ils ne doivent être

utilisés qu'avec une ventilation adéquate.

♦Vérifier régulièrement l’absence de fuites ou d’écoulements des produits

chimiques. En cas de fuite ou d'un écoulement du produit, respecter les directives

de nettoyage du fabricant recommandées sur la fiche signalétique.

♦Respecter toutes les réglementations et lois locales et nationales en vigueur

quant à l'entreposage des produits chimiques, à leur manipulation et à leur

élimination.

\

Mise en garde sur

l’élimination des

déchets chimiques

DECHETS CHIMIQUES DANGEREUX. Les déchets produits par les

instruments Applied Biosystems sont potentiellement dangereux ; ils peuvent entraîner des

blessures, des maladies, voire la mort.

♦Lire et comprendre les fiches signalétiques (MSDS) sur la sécurité des produits

chimiques dans le récipient de stockage des déchets avant d'entreposer, de

manipuler ou d'éliminer les déchets chimiques.

♦Manipuler les déchets chimiques dans une hotte fermée.

♦Limiter les contacts ou éviter les inhalations des déchets chimiques. Porter des

équipements de protection appropriés en maniant les produits chimiques (par ex.

lunettes de sûreté, gants ou vêtements de protection).

ATTENTION

!

AVERTISSEMENT

!

DANGER

!

AVERTISSEMENT

!

AVERTISSEMENT

!

Introduction 1-9

♦Une fois le récipient à déchets vidé, il doit être refermé hermétiquement avec le

couvercle fourni.

♦Eliminer le contenu du bac ou de la bouteille du récipient à déchets conformément

aux bonnes pratiques du laboratoire et aux réglementations de la santé et de

l'environnement locales et nationales en vigueur.

Guide de sécurité et

de préparation

du site

Le Guide de sécurité et de préparation du site est un document distinct, livré à chaque

client qui a fait l'achat d'un instrument Applied Biosystems. Se reporter au guide

destiné à l’instrument pour tous les détails sur la préparation du site, la sécurité de

l’instrument, la sécurité chimique et les types de déchets.

A propos des fiches

signalétiques

(MSDS)

Certains des produits chimiques utilisés avec cet instrument peuvent être identifiés

comme produits dangereux par leur fabricant. En présence de tels dangers, des

mises en garde apparaissent bien en évidence sur les étiquettes de tous les produits

chimiques.

Les fabricants de produits chimiques fournissent une fiche signalétique (MSDS) sur la

sécurité du produit avant et/ou avec les livraisons de produits chimiques dangereux à

leurs nouveaux clients, et avec le premier envoi d'un produit chimique dangereux

lorsque la fiche signalétique est mise à jour. Les fiches signalétiques fournissent les

consignes de sécurité destinées au stockage, à la manipulation, au transport et à la

mise au rebut des produits chimiques dans des conditions sécurisées.

Nous recommandons fortement à nos clients de mettre à jour leurs archives lorsqu'ils

reçoivent les nouvelles fiches signalétiques des produits chimiques dangereux.

DANGER CHIMIQUE. L'opérateur doit prendre connaissance des

fiches signalétiques avant d'utiliser des réactifs ou des solvants.

Pour commander

des fiches

signalétiques

Nos clients peuvent commander des exemplaires supplémentaires gratuits des fiches

signalétiques de sécurité sur les produits chimiques fabriqués ou distribués par

Applied Biosystems à partir des renseignements suivants.

AVERTISSEMENT

!

Pour commander des

fiches signalétiques... Procédure...

sur l’Internet a. Aller sur notre site Web

www.appliedbiosystems.com/techsupp

b. Cliquer sur MSDSs (Fiches signalétiques).

c. L’utilisateur peut ouvrir ou télécharger le document en format

PDF (en utilisant Adobe® Acrobat® Reader™), ou demander

à le recevoir par télécopie ou courrier électronique.

Si l’utilisateur a ... Procédure...

le numéro de la fiche

signalétique ou le numéro

d'index du document sur

demande

Entrer l’un de ces numéros

dans le champ approprié

sur cette page.

le numéro de référence du

produit Sélectionner Click Here

(Cliquer ici), puis entrer le

numéro de référence ou

les mots clés dans le

champ sur cette page.

Mot(s) clé(s)

1-10 Introduction

Appeler le fabricant du produit chimique si celui-ci n’est pas fabriqué ou distribué par

Applied Biosystems.

Etiquettes de

sécurité de

l’instrument

Des étiquettes de sûreté sont fixées sur l’instrument. Chaque étiquette comprend trois

parties :

♦Une zone de mise en garde, impliquant un niveau particulier d’observation ou

d’action (par ex., ATTENTION ou AVERTISSEMENT). Si l’étiquette regroupe

plusieurs risques, le texte de mise en garde signale le danger le plus important.

♦Une fenêtre de message, expliquant le danger et l’intervention requise de

l’utilisateur.

♦Un symbole d’alerte à la sécurité, indiquant la présence d'un risque potentiel pour

la sécurité corporelle. Se reporter au Guide de sécurité et de préparation du site

de l’analyseur génétique 3100 ABI PRISM pour une explication de tous les

symboles d’alerte à la sécurité en plusieurs langues.

A propos de

l’élimination des

déchets

La responsabilité incombe à l’opérateur, en tant que producteur de produits

potentiellement dangereux, de prendre les mesures suivantes :

♦caractériser (par une analyse si nécessaire) les déchets générés par les

applications, les réactifs et les substrats particuliers utilisés dans le laboratoire.

♦veiller à protéger la santé et la sécurité de tous les personnels du laboratoire.

♦vérifier que les déchets de l'instrument sont convenablement stockés, transférés,

transportés et éliminés en respectant toutes les réglementations locales et

nationales en vigueur.

Remarque Les matériaux représentant un danger biologique ou radioactif exigent parfois une

manipulation spéciale, et des limitations peuvent s'appliquer à leur élimination.

par service téléphonique

automatiséVoir la section « Pour obtenir des documents sur demande »

sous la section « Support technique ».

par téléphone aux

Etats-Unis Composer le 1-800-327-3002, puis le 1.

par téléphone du

Canada

par téléphone dans les

autres pays Se reporter à la région spécifique sous « Contacter le support

technique par téléphone ou fax » sous « Support technique ».

Pour commander des

fiches signalétiques... Procédure...

Pour passer des

commandes en... Composer le 1-800-668-6913

et...

anglais appuyer sur 1, sur 2, puis de

nouveau sur 1

français appuyer sur 2, sur 2, puis de

nouveau sur 1

Introduction 1-11

Avant d’utiliser

l’instrument S’assurer que toutes les personnes impliquées dans le fonctionnement de

l’instrument ont :

♦reçu une formation sur les pratiques de sécurité générales en laboratoire

♦reçu une formation sur les pratiques de sécurité spécifiques à l’instrument

♦lu et compris toutes les fiches signalétiques apparentées

Cet instrument ne doit pas être utilisé d’une manière qui ne serait pas

spécifiée par Applied Biosystems. Même si l’instrument a été conçu pour la protection de son

utilisateur, cette protection risque d’être entravée si l’instrument n’est pas utilisé correctement.

Utilisation efficace et

sécurisée de

l’ordinateur

Une bonne utilisation de l’ordinateur empêche les effets liés au stress tels que la

fatigue, les douleurs et les tensions.

Pour réduire ces effets au minimum au niveau du dos, des jambes, des yeux et des

extrémités de la partie supérieure du corps (cou, épaule, bras, poignets, mains et

doigts), la station de travail doit être agencée de façon à promouvoir des postures de

travail neutres ou détendues. Cela signifie également que le travail doit s’effectuer

dans un environnement où le chauffage, la climatisation, la ventilation et l’éclairage

sont correctement réglés. Lire les directives suivantes.

DANGERS LIES A L’APPAREIL SQUELETTO-MUSCULAIRE ET A LA

GESTUELLE ARTICULAIRE. Ces dangers sont provoqués par les facteurs de risque

potentiels suivants qui incluent sans s’y limiter, la gestuelle articulaire répétée, les positions

maladroites, les efforts trop poussés, le maintien de postures statiques contraignantes, la

pression de contact et d’autres facteurs liés à l’environnement des stations de travail.

♦Utiliser une position assise procurant une combinaison optimale de confort,

d’accessibilité au clavier et d’absence de pressions et de stress facteurs de

fatigue.

–La masse du poids du corps doit être supportée au niveau des fesses et non

pas des cuisses.

–Les pieds doivent être à plat sur le sol, et le poids des jambes doit être

supporté par le sol, et non par les cuisses.

–Prévoir un soutien lombaire pour assurer une courbe correcte de la colonne

vertébrale.

♦Placer le clavier sur une surface fournissant :

–la hauteur appropriée pour le positionnement horizontal des avant-bras et

vertical des bras.

–le soutien des avant-bras et des mains pour éviter la fatigue musculaire au

niveau des bras.

♦Positionner l’écran de visualisation à une hauteur permettant la position normale

de la tête et du corps. Cette hauteur varie en fonction des proportions physiques

de l’utilisateur.

♦Ajuster les facteurs de vision pour optimiser le confort et l’efficacité en :

–ajustant les variables d’écran, telles que la luminosité, le contraste et la

couleur en fonction des préférences personnelles et de l’éclairage ambiant.

–positionnant l’écran pour minimiser les reflets provenant des sources

lumineuses ambiantes.

ATTENTION

!

ATTENTION

!

1-12 Introduction

–positionnant l’écran à une distance tenant compte des variables de

l’utilisateur telles que l’hypermétropie, la myopie, l’astigmatisme et les effets

des lentilles correctives.

♦Utiliser quelques directives utiles en estimant la distance séparant l’utilisateur de

l’écran :

–La distance entre les yeux et l’écran d’affichage doit correspondre

approximativement à celle qui sépare les yeux du clavier.

–La distance de lecture la plus confortable pour la plupart des sujets est à

50 cm.

–La surface de la station de travail doit avoir une profondeur minimum de

90 cm pour permettre le réglage de la distance.

–Ajuster l’angle de l’écran pour minimiser les reflets et l’éblouissement, et

éviter les surfaces trop réflectives pour la station de travail.

♦Utiliser un porte-copie bien conçu, capable d’être ajusté dans le sens horizontal et

vertical, qui permet de placer les documents de référence à une distance de

visualisation équidistante de l’écran et du clavier.

♦Garder les fils et les câbles hors de portée des utilisateurs et des va-et-vients.

♦Choisir une station de travail avec une surface suffisamment large pour effectuer

d’autres travaux et avec un espace suffisant entre le siège et la station de travail.

Mises en garde

contre les risques

d'électrocution

DANGER D’ELECTROCUTION. L'utilisation de l'appareil en

alimentation haute tension pose un risque d'électrocution grave susceptible d'entraîner des

blessures corporelles voire la mort. Pour éviter les risques d’électrocution, mettre l’instrument

hors tension, débrancher le cordon d’alimentation et patienter 1 minute avant d’intervenir sur

l’appareil.

DANGER D’ELECTROCUTION. Pour éviter les risques

d'électrocution, ne pas enlever les capots dont l'ouverture nécessite l'utilisation d'outils. Ils ne

protègent aucune pièce réparable par l’utilisateur. Confier l’entretien et les réparations

Applied Biosystems à un personnel d’entretien qualifié.

Mise en garde

sur les lasers DANGER DE BRULURE PAR LASER. Un laser surchauffé peut

provoquer des brûlures graves s’il entre en contact avec la peau. NE PAS faire fonctionner le

laser s’il ne peut pas être refroidi par son ventilateur. Toujours porter des lunettes de sécurité

laser.

AVERTISSEMENT

!

AVERTISSEMENT

!

AVERTISSEMENT

!

Exécution d’une analyse de fragment 2-1

Exécution d’une analyse

de fragment 2

Présentation

Dans ce chapitre Ce chapitre contient les sections suivantes :

Section Voir page

Avant de commencer 2-2

Préparation de l’échantillon 2-3

Démarrage du logiciel 3100 Data Collection 2-4

Réglage des préférences sur le logiciel 2-6

Utilisation des ensembles plaques 2-8

Vérification et remplissage des liquides 2-10

Positionnement de la plaque sur le passeur d'échantillons 2-13

Création d’un enregistrement de plaque 2-14

Liaison d’une plaque 2-20

Démarrage et surveillance de la série 2-23

Arrêt d’une série et récupération des données 2-24

Affichage, modification ou création d’un module d'électrophorèse 2-25

Affichage et modification d’un module d’analyse 2-27

2

2-2 Exécution d’une analyse de fragment

Avant de commencer

Hypothèses de

départ Les procédures décrites dans ce chapitre tiennent compte des hypothèses suivantes :

♦L’ordinateur et l’instrument ont été correctement configurés.

♦L’instrument a été étalonné : les calibrations spatiales et spectrales ont été

effectuées avec succès. Consulter le chapitre 4 de ce guide s’il y a lieu.

♦L’espace est suffisant sur le disque dur de l’ordinateur pour stocker les données

qui seront générées. Consulter le chapitre 5 de ce guide s’il y a lieu.

Exécution d’une analyse de fragment 2-3

Préparation de l’échantillon

Jeu de fluorophores Le logiciel de collecte des données ABI PRISM® 3100 Data Collection version 1.0.1

prend en charge le jeu de fluorophores DS-30 et les kits “linkage mapping set”

ABI PRISM® LD20, MD10 et HD5.

Les fluorophores du jeu DS-30 sont 6-FAM (bleu), HEX (vert), NED (jaune) et ROX

(rouge).

Indices de

regroupement Les différents fluorophores sont détectés avec des efficacités différentes. L’indice de

regroupement, soit la quantité ajoutée de produit marqué par un fluorophore par

rapport aux autres produits du groupe, doit être ajusté pour assurer une détection

appropriée de tous les loci.

Indices de regroupement pour les kits d'amplification microsatellites « linkage mapping

set » ABI PRISM

Pour les kits LD20, MD10 et HD5, un indice de 1:1:1 (produits marqués au

6-FAM:HEX:NED) donne un équilibre acceptable sur la plupart des loci. Pour chaque

panel des kits, grouper 1 µl de chaque produit ACP (PCR) dans un tube pour

microcentrifugeuse. Si nécessaire, amener le volume total à 10–20 µl avec de l’eau

désionisée.

Placer un aliquot de 10 µl de produit ACP (PCR) dilué dans des plaques optiques

MicroAmp à 96 ou 384 puits.

Volumes de

chargement suggérésDANGER CHIMIQUE. Le formamide est dangereux s’il est

absorbé par la peau ; il peut également provoquer une irritation des yeux, de la peau et de

l’appareil respiratoire. Il risque d’endommager le système nerveux central et les systèmes de

reproduction féminin et masculin, et pose un risque possible de malformation congénitale.

Prière de lire la fiche signalétique applicable et de suivre les consignes de manipulation. Porter

des protections oculaires, des gants et des vêtements appropriés.

Préparer le mélange étalon de masse moléculaire:formamide en utilisant :

♦1000 µl de formamide Hi-Di™ (Réf. n°4311320) ou une qualité similaire de

formamide

♦50 µl de GeneScan™-400HD ROX ou 50 µl de GeneScan™-500 ROX

Remarque Nous recommandons d'utiliser du formamide Hi-Di, mais si l’opérateur préfère

préparer son propre formamide, la section Appendix A, « Préparation du formamide », contient

des informations importantes à ce sujet.

Remarque Ces indices de produits ACP (PCR) groupés et ces étalons de masse moléculaire ne

doivent être utilisés que comme point de départ. Optimiser ces indices, s’il y a lieu, en tenant

compte des résultats obtenus en laboratoire.

Pour le chargement, mélanger 1 µl de produits ACP (PCR) groupé avec 10 µl du

mélange étalon de masse moléculaire:formamide.

AVERTISSEMENT

!

2-4 Exécution d’une analyse de fragment

Dénaturation des

échantillons

Démarrage du logiciel 3100 Data Collection

Avant de commencer

Pour dénaturer les échantillons :

Etape Action

1Chauffer les échantillons à 95 °C pendant 3 à 5 mn.

Plusieurs possibilités sont acceptables pour recouvrir les échantillons pendant la

dénaturation :

♦Pellicules adhésives transparentes MicroAmp® (Réf. nº4306311)

♦Capuchons MicroAmp® (12 bandes) (Réf. nº801-0534)

♦Capuchons MicroAmp® (8 bandes) (Réf. nº801-0535)

♦Bandes de bouchons à septum

2Placer immédiatement sur la glace pendant au moins 5 mn avant le chargement.

Avant de démarrer le logiciel de collecte des données :

Etape Action

1L’ordinateur et le moniteur doivent être sous tension.

IMPORTANT L’ordinateur doit être mis sous tension avant l’instrument.

Le nom d’utilisateur par défaut est « 3100User » et le mot de passe par défaut est

vierge.

2S’assurer que l’Analyseur génétique 3100 ABI PRISM est sous tension et que le

témoin vert est allumé en mode fixe (ne clignote pas).

3S’assurer que «OrbixWeb Daemon » fonctionne en identifiant son bouton sur la

barre des tâches de Windows NT.

Si OrbixWeb ne fonctionne pas, aller au niveau du menu Démarrer, pointer vers

Applied Biosystems et sélectionner OrbixWeb Daemon.

Remarque Pour créer un raccourci : (a) Naviguer jusqu’au programme orbixd.exe

dans le répertoire suivant : D:\dbtools\iona\orbixweb3.2\bin. (b) Effectuer un clic

droit sur le fichier. (c) Cliquer sur Créer un raccourci. Cela permet de créer un

raccourci nommé Raccourci vers orbixd.exe. (d) Faire glisser le raccourci vers le

bureau.

IMPORTANT OrbixWeb Daemon doit être lancé avant la mise en route du logiciel

de collecte des données 3100.

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Thermo Fisher Scientific Analyseur génétique 3100 ABI PRISM® Mode d'emploi

Thermo Fisher Scientific Analyseur génétique 3100 ABI PRISM® Mode d'emploi

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